蛋白小分子复合物-分子动力学模拟 流程

更新时间 2026年5月13日

1.获得 pdb格式的复合物文件

把对接结果文件[蛋白和小分子]导入到 pymol 中导出并命名为：complex.pdb

2.文本操作-剥离蛋白和小分子

用记事本打开 complex.pdb，把小分子部分剪切出来，保存为新的 文本 文件 unk.pdb，剩余的重命名为 protein.pdb

3.把小分子文件转换为 mol2 格式

软件名称：Avogadro，导入分子，点击构建加入氢原子，点击另存为 mol2格式

4 .激活在Autodl上保存的conda虚拟环境

#虚拟环境创建脚本
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh 
source miniconda3/bin/activate 
conda init bash

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/


#创建conda环境
conda create -n gmx 
#安装gromacs
conda install gromacs=2022.2 #注意版本号
#启动gmx环境
conda activate gmx
#去激活
conda deactivate
#安装networkx
conda install networkx=2.3 #注意版本号
#安装gromacs所需环境
conda install pocl oclgrind intel-compute-runtime beignet ocl-icd-system

5.准备必备文件

cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py    md.mdp
charmm36-jul2022.ff     npt.mdp
em.mdp              nvt.mdp
ions.mdp            sort_mol2_bonds.pl